花山謎窟地理位置處在北緯29º3934"和29º477"之間，是北緯三十度神秘線上唯一一處石窟群奇觀。同在這條神秘線上的還有：北大西洋百慕大三角海域、埃及金字塔及獅身人面像、亞特蘭蒂斯大陸、諾亞方舟、死海、撒哈拉大沙漠、珠穆朗瑪峰、錢塘江潮、神農架野人之謎、黃山奇觀等。更令人稱奇的是，花山東側歙縣煙村也已探明有石窟群的存在，數量也多達三十六座，且形態類似於花山石窟群。兩座石窟群的七十二窟與黃山的七十二峰遙相對應，不知是出自天然的巧合還是古人刻意的安排。從總體上看，石窟群呈線性分布在新安江畔連綿的花山山麓中，全長約五公裡。現已探明的石窟有三十六座。說到石窟的發現，很具傳奇色彩。2000年的某天，當地老農上山打柴時，無意中踏松腳下的沙土，土塊紛紛滑落，露出石壁上深不可測的洞穴。當地政府聽說此事後，馬上組織人力勘查，結果使這組龐大的石窟群得以重見天日。
經過歷時一年多的發掘工作，石窟群已初顯規模。呈現在世人眼前的是一座座格局怪異，內部空間巨大的洞窟。其中有的洞中套洞，有的石柱林立，有的空谷幽潭，而且石壁上沒有任何壁畫和佛像，也沒有文字，特別是有兩個洞口開在新安江水中，更為其增添了神秘感。2001年5月20日下午，江澤民主席視察時感嘆道：“真是太絕了！是個謎，真是個千古之謎！這真是個寶啊！要是宣傳到國外去真了不得！”並將此地命名為“花山謎窟”。
目前石窟群中可供參觀的只有二號窟和三十五號窟。二號窟內的溫度宜人，較之外面十度左右的氣溫，明顯感覺到和暖。二號窟也被稱作地下長廊，是一座狹長的洞窟。二號窟中有兩個看點，即在石壁上天然形成的秋色圖和窟頂的大斜面。秋色圖中整個畫面布滿黃棕色的秋葉，山林、高峰、民居為黑色。其中民居還可明顯看出徽派建築的風格，前面有一條白色的小溪穿過，毫無疑問，這便是山腳下的新安江了。
大斜面是在清淤完畢後被發現的。最先工人們挖到此處時認為已到了石窟的盡頭，但隨著淤泥的清除，卻發現石壁呈斜面狀向前延伸，又可看到另一個洞口。斜面的坡度約為45度，寬15米，長30米，與外面的山坡坡度一致。斜面的石壁上可看到一行行細密的直線型鑿痕，線條筆直且連貫，給人的整體感覺很是壓抑。這個大斜面的出現提出了一個新的謎團：在科學技術相對落後的古代，匠人們是如何准確判斷出斜面的坡度並使之與山體走勢吻合呢？
三十五號窟是中國現存的最大的古代人工石窟，有地下宮殿、清涼宮之稱。石窟深170米，最高處18米，面積約1.2萬平方米。內部有26根石柱呈品字形排列，起到支撐作用，可見古代的工匠們已深諳三點固定一平面的幾何原理。窟內有許多石房、石床、石橋、石樓、石槽、石塘點綴其間。特別值得一提的是洞口處的通海橋，橋下是一潭清澈見底的泉水，水聲嘩嘩作響，很可能在此存在活的水源。朔流而下，就到了洞內最低的地方，其頂上的石壁清晰可見精雕細刻的花紋。雖然這裡已經位於新安江水面以下2米，上下落差有25米，但是洞內的通風狀況良好，所以人在洞底並沒有任何不適的感覺。另外，洞窟的怪異構造使得聲波被石壁吸收，因而無論多麼大聲地喧嘩，在洞內都聽不到一絲回音。
石窟的魅力正是應在了一連串的 “謎”上。它們是如何建成的？為什麼要建造這些石窟？挖出的數以百萬方石料去了何處？當年是如何開采和運輸的？石窟內有少量開采好的石塊，為什麼沒有被運出去？洞內有多處厚10釐米的石壁為什麼不鑿開而聽任其擋在石廳中間？洞內石柱上的方型和圓型盲孔是做什麼用途的？如此龐大規模的石窟群，為什麼至今沒有見到史籍上的記載？專家們為此做出種種推測和分析，但仍是未能找到統一的確定答案。
據考證，石窟群距今至少有1700年的歷史。關於它的來歷和作用，目前共有十五種說法，分別為：石窟屯兵說；徽商屯鹽說；史前文明說；山丘說；采石場說；皇陵說；道家褔地說；功能轉化說；花石綱說；方腊洞說；臨安造殿說；徽州府、漁梁壩說；殺人塢說；巨型石文化建築說。
其中占主流的說法主要有兩種：一種認為這裡曾做屯兵時的駐地和彈藥庫之用。《新安志》上記載：“東漢時期，孫權為削平黟、歙等地，派威武中郎將賀齊屯兵於溪水之上，後改新安江上游水域為“屯溪”。這既解釋了“屯溪”地名的由來，也為石窟群提供了一種答案。這種說法可由窟內遺留的矛、斧、大量未使用過的石塊，以及某些岩壁上留有煙熏的痕跡等為佐證。
另一種說法則認為石窟是徽商為儲鹽而建。古代的徽州地理位置封閉，通往外界的捷徑只有新安江。因而這裡成為物資集散地，徽州鹽商們便在此開鑿石窟建成鹽庫。這種說法可以很好地解釋石窟群中的石窟規模不同、樣式各異的原因，因為它們分屬於不同的鹽商所有。
花山謎窟留給後世的是無盡的遐思，它激起了人們獵奇的心理，使慕名而來的學者、游人絡繹不絕。如果有朝一日這些謎團被一一闡釋，那麼謎窟還會像現在一樣充滿誘惑嗎？
這也該是一個謎吧！
（附：花山謎窟位於黃山市屯溪區篁墩至歙縣雄村之間的新安江兩岸。距火車站12公裡，距飛機場20公裡。）