扎藏寺又稱“扎藏具喜法輪洲”，屬藏傳佛教格魯派蒙古族寺院。寺東一圓形山丘呈圓形凸起，恰似寶珠或繡球，故有“二龍戲珠”、“獅子滾繡球”之說。
東漢延康元年（220年），有一姓唐的僧人在毛吉河畔的山林中修行，信奉早期的東土佛教，頗有德行。該僧曾留下修行禪房一間、檳木念珠一串，大缽兩個、刻有“延康”二字的像牙筒板一塊和僧鞋一雙。一些人認為，這就是扎藏寺的前身。唐貞觀十五年（641年）文成公主進藏，阿夏部落首領曾率該寺頭目到日月山送行。元代，蒙古僧人在毛吉南毛爾達哇山下修了一座靜房，蒙古語稱“塔雁”，信奉藏傳佛教薩迦派。
唐代貞觀年間，文成公主進藏途中路過日月山時，該寺的僧人聚眾去迎接文成公主，並請文成公主到寺院留宿作客。虔誠信佛的公主聽說附近有一座佛寺，很是高興，於是將隨身攜帶的一串珊瑚念珠和金戒指、金釵等贈給寺院，留作紀念。從此以後，扎藏寺名聲大震，四方僧人，八方信徒，紛紛來此頂禮膜拜，集會講經，香火大為興盛。
到了宋代，青海東部成為西夏屬地，青海湖周圍被蒙古族所占，扎藏寺遂成青海蒙古族的佛寺。蒙古人還在莫爾吉河對面的山頭上修了一座頗為壯觀的靜房，名叫“塔燕靜房”。明崇禎十年，蒙古王顧始汗從新疆進軍青海，繼而進兵西藏，消滅了在青藏地區信仰道教的各派勢力，並在蒙藏族中大力弘揚黃教。顧始汗還將塔燕靜房與扎藏寺合並為一，統稱為“扎藏克噶旦群蔔楞”，從些，扎藏寺成了青海蒙古族信奉黃教的首寺。明歷六年（1578年），三世達賴喇嘛到青海，途經該地講經傳法，該靜房改宗格魯派。明崇禎十年（1637年），在和碩特部首領顧始汗的支持下，由五世達賴弟子扎藏曲結·加央喜饒北遷“塔雁”建成扎藏寺。
清康熙三十六年，扎藏寺又成了清朝政府聯絡青海蒙藏頭領的中心。當時，清政府和青海蒙古各王公在扎藏寺設有公署和辦事機構，因此，扎藏寺又成了政教合一的官府機構，從而使得扎藏寺規模日趨宏大，聲名遠播四方。清雍正元年（1723年），羅蔔藏丹津反清，扎藏寺作為主要據點被清軍搗毀。雍正六年（1728年），在冊僧侶120人。乾隆八年（1743年），乾隆下令重新恢復該寺，並御賜“佛光普照”匾額,使該寺再度興旺起來。清同治年間，河湟一帶的回族發動反清起義，結果使扎藏寺受到毀滅性的破壞，除該寺的大廟外，其余大小經堂全部被燒毀，寺內保存的珍貴文物及歷史典籍等全部化為灰燼。光緒元年（1875年）五世卻藏活佛主持重建扎藏寺，但規模遠沒有過去那麼宏大壯觀，人們只在大廟院內新修了３間小經堂，寺院附近又修了貝勒、柯柯、貝子等７個王府，即正門前為大經堂，兩側是耳樓，經堂後面則是玲瓏剔透的小寺。
扎藏寺作為青海蒙古族的重寺，有過興盛，也有過衰敗。特別是明清以來，幾代達賴喇嘛和班禪喇嘛對它十分推崇，曾多次親臨寺院講經朝拜，廣發布施。封建王朝和封建王公對它也很重視，不斷捐資贈款，大加擴建，致使該寺聲望驟增，規模日漸宏大。最鼎盛時曾有殿堂百座，廟宇千間，僧舍成片。其中，最為輝煌的是位於寺院正中的大殿和依山傍水而建的大小經堂。其建築設計巧妙，布局合理，建築精良，裝飾華麗。寺內珍寶繁富，文物眾多，典籍廣博，為周圍寺院所不及。
扎藏寺有著重要的自然環境和地理位置,備受歷代高僧和官府的青睞。扎藏寺地處要衝，自古以來就是通往青海湖北岸的交通要道。早年間，這一帶的山川到處是樹木，遍地是灌叢，環境十分優美，景色異常迷人。特別是盛夏季節，這裡翠綠的山林美麗至極。只見茂密的松樹猶如一把把撐天的巨傘昂然挺立，重重疊疊的樺林間，盛開著無數野花，紅、黃、藍、白、紫，鮮艷奪目、五彩繽紛的花朵，招引得蜂飛蝶舞，鳥鳴鶯唱。而山林之下，百泉噴湧，溪水潺潺，真可以稱得上是一個山青水秀的好地方。因此，過去曾有人作詩贊道：“一峰高過千山頂，二龍戲珠天地間；翠林紅霞映紅日，香爐桑煙遙相照”、“南檐納日冬天暖，北戶迎風夏日涼”；“山色千尋常聳綠，石泉萬斛自奔流”。足見其環境之幽，風景之美。
1958年前，寺院共有房屋近600間，其中有總領全寺的經堂一座，三世佛殿一座，彌勒佛殿一座，塔雁一座。另有曲結昂欠、赤哇昂欠；措欽吉哇、靜房吉哇；欠勤尕卡、霍爾丹尕卡以及蒙古王公府邸，還有僧人宅院……寺僧有64人，活佛1人。全寺設有三個扎倉。均屬密宗經院，全用塔爾寺教程。
該寺原先存有顧始汗的盔甲、戰刀等遺物，有藏、蒙、漢三種文字合璧的《甘珠爾》１部。據寺志記載：文成公主進藏時，給阿夏公主贈送珊瑚念珠１串，金戒１枚，刻有漢字的金釵１個，還有給該寺高僧的法器若干。三世達賴喇嘛索南嘉措來青海時，在寺廟內塑了一尊“度母像”。將金釵塑於像內，金戒指套在了塑像右手的無名指上，珊瑚念珠鑲在佛額上，這些珍貴文物在歷次兵燹中散失，誠為可惜。
1958年，寺僧遣散，寺院建築毀壞。1984年5月，經湟源縣政府批准，寺院重新開放，進寺僧13人。重修大經堂1座5間，小經堂3間，采用傳統大屋頂飛檐式，顯典雅、古樸雄偉之像。僧人宅院５座，計有37間。經堂內新塑釋迦牟尼佛、迦葉佛、彌勒佛各1尊，還供有觀音菩薩、寶貝佛等塑像。可喜的是遺留的像牙筒板存列於寺院。寺院如今香火漸盛，已基本恢復原規模。
(扎藏寺祈福)